Существенное удешевление расчетов в протеомике.

Схема работы с системой EC2. Изображение из презентации Браена Халлигана  (кликните картинку для увеличения)

Схема работы с системой EC2. Изображение из презентации Браена Халлигана (кликните картинку для увеличения)

12.04.2009 (21:13)
Просмотров: 21701
Рейтинг: 0.63
Голосов: 30

Теги:
протеомика, компьютер, расчет, кластер компьютеров,
Математика >> Приложения






Ваша оценка
-2 -1 0 1 2
Как известно, любые протеомические расчеты, будь то молекулярно-динамическое молекулярное моделирование белковых молекул или массированное выравнивание сиквенсов белкой, очень требовательны к компьютерным ресурсам. Чтобы снизить стоимость таких вычислений, необходимо два прямо противоположных фактора. Во-первых необходимо иметь практически неограниченные по размеру компьютерные кластеры, чтобы простой научных сотрудников стремился к нулю. Во-вторых необходимо минимизировать простой компьютерного оборудования, т.е. минимизировать количество имеющихся компьютеров.

Эта задача уже решена вебмастерами. Для некоторых вебсайтов используются эластичные компьютерные кластера, в которых во время потребностей подключаются дополнительные компьютеры к решению существующих задач, а при уменьшении нагрузки - автоматически отключаются. При этом стоимость аренды оборудования рассчитывается из расчета реально использованного количества компьютерного времени в часах. Это дает максимальную экономию компьютерного времени путем фактического удаления простоев.

Не смотря на то что технология эластичных компьютерных облаков (EC2) появилась у компании Амазон (Amazon Elastic Compute Cloud) сравнительно давно, в августе 2006 года, данная технология не нашла еще широкого применения в научных кругах. Оброс нескольких специалистов по молекулярно-динамических расчетам проведенный в Институте Биоорганической Химии (ИБХ РАН, Москва) показал, что о данной технологии неизвестно, и что в случае необходимости для исследований будет приобретаться компьютерное время на супер компьютерах.

Для упрощения проведения протеомических расчетов группа исследователей в Медицинском Колледже в Висконсине (Medical College of Wisconsin) разработала компьютерное обеспечение которое позволяет вести расчеты на ЕС2 облаке компьютеров. При этом данное программное обеспечение представляется с открытым кодом и свободно доступным для всех желающих.

"Разработанное нашей группой программное обеспечение, совместно с ЕС2 технологиями от Амазона позволяют лабораториям проводить сложные протеомические расчеты без существенных инвестиций в компьютерное оборудование и программные лицензии" говорит о Dr. Браен Халлиган (Brian Halligan, Medical College of Wisconsin)

Нравится


Сергей Ружейников

Источники:



самое популярное

В Москве спортивный блочный лук Man Kung можно приобрести только в магазине superarbalet.ru.
Rambler's Top100